麻醉是一种无意识、镇静、肌肉松弛以及无反射的状态。目前，按照作用药物的种类可将麻醉分为注射式麻醉和吸入式麻醉。理想的麻醉剂应当具有易于操作、提供快速和充足的麻醉维持、没有副作用、可以逆转以及对动物和操作人员无害等特点。但是，这样的麻醉剂并不存在，合适的麻醉选择也需要根据不同实验的需求来确定。
实际上，许多动物实验都需要实验动物在相对固定的条件下进行，例如活体成像、开颅的脑功能研究以及等。一般情况下，动物都不会配合这些实验的开展，而且大部分的实验操作还会伴有疼痛感，而麻醉和镇痛技术为这些实验的开展提供了可能。
目前，阿佛丁、戊钠和是大小鼠实验中非常常用的注射类麻醉剂，它们经常会与诸如乙酰丙嗪、甲苯噻嗪、安定（）和一些镇静类药物联合使用；而、和是吸入式麻醉中常用的麻醉剂。
相比注射式麻醉，吸入式麻醉具有以下优点：
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| 注射麻醉 |
麻醉持续时间 | 苏醒快，适于短期麻醉，也利于更改麻醉策略，精确调控麻醉深度 | 恢复速度慢，不能在注射后立即苏醒，还需要使用逆转剂来解除麻醉状态，无法调控麻醉时长和麻醉深度 |
麻醉控制 | 通过浓度可控制麻醉深度，使用方便 | 无法进行有效的深度控制 |
体内代谢 | 吸入和消除都在肺部，极少被吸收，不会产生肝肾毒性 | 大都需要在肝肾代谢，会潜在地产生一定的副作用 |
对生理指标的影响 | 心脏保护功能，提高肺部的免疫力，可以抑制促炎因子IL-1、TNF-α和IL-6的分泌 | 对心率和呼吸速度都有显著的抑制，使血压、血糖等指标升高 |
使用范围 | 应用范围广，更加安全，尤其是针对深入和长时程麻醉实验。包括一些其他全不宜使用的疾病，例如癫痫、颅内压增高、重症肌无力、糖尿病、支气管哮喘等。 | 有一定的局限性 |
附：
常用的注射式麻醉剂
类别 | 药品名称 | 作用时间 | 不良反应 | 药品描述 | |
类药物（Barbiturates） | 戊钠（pentobarbital） | 60-120 min | 心血管和呼吸功能抑制 | 类GABA药物，抑制和盐的释放 | |
硫 （thiobarbital） | 10-20 min （因品系而异） | ||||
三溴乙醇（Tribromoethanol） | 阿佛丁 （Avertin） | 15-30 min | 心肺抑制、高血糖、腹膜炎、肠梗阻和腹膜粘连 | 非管制类药物，具有使肌肉放松和短效麻醉的作用；在小于16天的小鼠中有不确定性，在肥胖、高血糖以及转基因小鼠中表现出不确定性；二次使用时死亡率会提高 | |
分离麻醉剂（Dissociative Anesthetics） | （Ketamine） | 15-20 min（犬猫） | 增加颅内血流、颅内压脑脊液压和脑耗氧量，促进眼睛睁开而导致角膜干裂 | 对NMDA受体的拮抗作用导致麻醉，镇痛效果明显，其中是常用的麻醉药物，替来他明的效果是的10倍；它们经常与其他麻醉药联合使用，无肌肉僵直和促惊厥作用 | |
替来他明（Tiletamine） |
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α-2肾上腺素激动剂（Alpha-2 Adrenergic Agonists） | 赛拉嗪 （Xylazine） |
| 增加或降低血压，增加外围脉管系统的阻力，降低心脏的泵血，增加静脉的压力，呼吸抑制，增加高血糖，利尿以及高血尿风险 | 该组合是目前注射麻醉中应用非常广泛的一种。α-2肾上腺素激动剂可以针对特异性受体发挥镇痛作用，可以使用1mg/kg阿替美唑（atipamezole）逆转。 | |
美托咪啶（medetomidine） |
| 效用10倍于赛拉嗪，作用方式和逆转方式和赛拉嗪类似 | |||
吩噻嗪镇静剂（Phenothiazine Tranquilizers） | 乙酰丙嗪（acerpromazine） | 200-360 min | 对心血管的抑制以及降低血压，还会降低惊厥阈值，不推荐在CNS损伤中使用 | 一种稳定剂，对呼吸系统影响较小，但并无镇痛作用，主要用于与和赛拉嗪组合，加强麻醉效果 | |
苯二氮卓类（Benzodiazepines） | 安定，（diazepam） |
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| 水溶性，作用于GABAA受体，较低的心肺抑制，可用于心血管和代谢类疾病以及大龄动物的疾病，可以被GABA逆转剂（Flumazenil）逆转恢复 | |
咪达挫仑（midazolam） |
| 脂溶性，比发挥作用更短 | |||
阿片类（Opioids） | （Morphine） | 2-4 h |
| 可以一定程度上接触激动剂带来的副作用，诸如：呼吸抑制，心动过缓，由于组胺释放导致的外围血管舒张等 | |
度冷丁（Meperidine） | 2-3 h | ||||
（*） | 30 min |
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（Buprenorphine） | 12 h |
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